Európska komisia začala tzv. nový biogeografický proces, t. j. neformálny proces s členskými štátmi EÚ zameraný na výmenu informácií a skúseností, dobrých postupov a zlepšenie cezhraničnej spolupráce pre manažment území sústavy Natura 2000. Proces prebieha postupne v rámci všetkých 9 biogeografických regiónov. Začína sústreďovaním údajov k vybraným témam, ktoré sú následne prezentované na seminároch pre jednotlivé biogeografické regióny. Slovenskej republiky sa týka alpský seminár (plánovaný v októbri 2013 v Tyrolsku) a panónsky seminár (plánovaný na jar 2015). Príprava biogeografického procesu pre alpskú oblasť začala v r. 2012. Európska komisia zverejnila podrobné zhodnotenie („pre-scoping“ – prípravný dokument), a spoločne s členskými štátmi vybrala 22 typov biotopov európskeho významu a v nich zastúpené druhy, na ktoré bude biogeografický proces zameraný. Patria sme „riečne, jazerné“ (6), trávnaté (6), iné mokraďové (4) a lesné (6)“; biotopy a na ne viazané vybrané druhy. 20 typov biotopov sa prirodzene vyskytuje aj na území Slovenska a len jeden z nich je v priaznivom stave. Do 28.2.2013 je možné pripomienkovať tzv. „background dokument“ a zaslať relevantné príklady – pre obe boli pripravené formuláre. Do pripomienkovania resp. sústreďovania údajov môže byť zapojená verejnosť, rovnako sa očakáva aj širšie spektrum účastníkov na samotnom biogeografickom seminári. Partnerom Európskej komisie na národnej úrovni je sekcia ochrany prírody a tvorby krajiny MŽP SR spoločne so Štátnou ochranou prírody SR.

12. februára 2013